Nascido em 1883, na Alemanha. Seu pai um premiado ginasta de descendência grega, sua mãe uma Naturopata que acreditava no princípio da auto cura do corpo, sem uso de remédios. A filosofia de cura da mãe e as aquisições físicas do pai influenciaram nas idéias de Pilates para exercícios terapêuticos.

Pilates foi uma criança doente e frágil. Sofria de raquitismo, asma e febre reumática. Por ter um perfil fraco era constantemente alvo de gozação na escola. Diante disso ele dedicou sua vida para melhorar a saúde e força. Focava-se em técnicas respiratórias a fim de melhorar a asma e exercitava-se somente de calção ao ar livre para melhorar a absorção de vitamina D e se curar do raquitismo. Aos 14 anos ele já possuía uma forma física digna para posar para gráficos anatômicos. Pelo fato de amar esquiar, musculação, ioga e artes marciais, essas atividades influenciaram na criação do método Pilates.

Em 1892 Pilates se mudou para a Inglaterra onde trabalhou como boxeador profissional, artista de circo, treinador de defesa pessoal da Scotland Yard.  No entanto, durante a Primeira Guerra Mundial, Pilates foi preso juntamente com outros alemães. A situação do campo de concentração era precária e ele pedia para que todos do seu pavilhão participassem da sua rotina diária de exercícios, inventados por ele mesmo, para proporcionar bem estar físico e mental. Alguns soldados alemães estavam muito fracos para saírem da cama, então Pilates aproveitou as molas das camas para fornecer resistência aos exercícios. Durante a guerra houve uma epidemia de gripe, em 1918, mas nenhum dos soldados sob os cuidados de Pilates morreu.

No entanto, durante a Primeira Guerra Mundial, Pilates foi preso juntamente com outros alemães. A situação do campo de concentração era precária e ele pedia para que todos do seu pavilhão participassem da sua rotina diária de exercícios, inventados por ele mesmo, para proporcionar bem estar físico e mental. Alguns soldados alemães estavam muito fracos para saírem da cama, então Pilates aproveitou as molas das camas para fornecer resistência aos exercícios. Durante a guerra houve uma epidemia de gripe, em 1918, mas nenhum dos soldados sob os cuidados de Pilates morreu.

Após a Guerra, Joseph Pilates voltou para Alemanha trabalhando na elaboração de exercícios físicos para especialistas de dança, treinou policiais e soldados. Mas pelo descontentamento com seu país, migrou para EUA e na viagem conheceu Clara, enfermeira, e sua futura esposa. O casal fundou seu primeiro Studio na cidade de Nova York, onde ensinaram e supervisionaram seus alunos até a década de 60.

O método que Pilates e Clara chamaram de Contrologia, incentiva a mente a controlar o músculo. Ele foca sua atenção nos músculos posturais básicos que ajudam a manter o equilíbrio do corpo e oferecendo suporte para a coluna. Em particular a técnica de Pilates ensina a consciência da respiração, o alinhamento da coluna e o profundo fortalecimento dos músculos abdominais. Pilates passou a acreditar que o estilo e hábitos modernos, como má postura e respiração ineficaz traziam doenças.

Diante de todos os benefícios, profissionais de dança, atores e famosos aderiram a prática em busca de fortalecimento e reabilitação.

Ele faleceu em 1967 aos 83 anos em Nova York. Ele manteve seu corpo em forma durante toda a vida e fotografias mostram sua excelente condição física.

Apesar de Joseph e Clara não terem tido filhos, o legado de Pilates foi preservado através do trabalho de seus discípulos. Ate que a ciência do exercício alcançasse o método de Pilates, nos anos 80 ele foi utilizado principalmente por bailarinos e atletas de elite. Agora o método Pilates esta popularizado, com seus benefícios de saúde e disciplina mental, sendo reconhecido mundialmente.